Em 1682, a Venerável Ordem Terceira de S. Francisco do Porto abriu um recolhimento para Irmãs e, em 1734-43, este deu lugar a um hospital para todos os doentes, curáveis e crónicos, da Ordem, intitulado Hospital de Santa Isabel. Em 13 de março de 1711, foi substituído por um hospital "de enfermos".
Inicialmente, o hospital foi fundado para recolhimento de doze irmãos Entrevados num quintal que a Ordem possuía, junto à capela. As fundadoras foram nove irmãs, cinco viúvas e quatro casadas, que contribuíram com as despesas da sua fundação, tendo sido eleitas e nomeadas no dia de Santa Isabel, Rainha de Portugal: 4 de julho. Foram elas: D. Mariana da Costa, viúva do comendador e irmão Manuel Gomes; D. Isabel de Albuquerque, viúva de António Pinto dalgo da Casa Real; Doroteia de Jesus, viúva do irmão e benfeitor Pedro Blens; Luísa Marques, viúva do irmão Bento da Costa; Isabel Soares, viúva do irmão João Pinheiro; Inês, mulher do irmão Gregório Bezerra de Aguiar; Maria de Mesquita, mulher do irmão Domingos Mendes; Paula Pinto, mulher do irmão António da Mota; e Berta de Abreu,
mulher do irmão Manuel de Sousa Meireles. A obra teve início a 11 de agosto e terminou a 19 de novembro de 1686, com um custo de 250 000 réis.
Em janeiro de 1746, foi destruído por um incêndio que chegou a atingir a Capela da Ordem, tendo-se decidido mandar fazer um cemitério e, por cima deste, uma Casa de Despacho e Secretaria, obra que ficou a cargo de Nicolau Nasoni.