Em 1682 abriram um recolhimento para Irmãs e em 1734-43, este deu lugar a um hospital para todos os doentes, curáveis e crónicos, da Ordem, intitulado Hospital de Santa Isabel. A 13 de março de 1711 foi substituído por um hospital "de enfermos".
Em janeiro de 1746 foi destruído por um incêndio que chegou a atingir a Capela da Ordem, tendo-se decidido mandar fazer um cemitério e, por cima deste, uma Casa de Despacho e Secretaria, obra que ficou a cargo de Nicolau Nasoni.